稅收政策問題研究
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進入新世紀，我國正處于發展模式轉變的關鍵時期。十六屆五中全會提出“立足科學發展，著力自主創新，完善體制機制，促進社會和諧”的基本思路。稅收政策是稅收主權國為實現一定的社會、政治或經濟目的，通過制定傾斜性的稅收政策法規來豁免或減少經濟行為或經濟結果的調控手段。作為政府激勵自主創新的主要手段之一，稅收政策通過降低成本、增加收益和削弱風險等作用的發揮，推動各類創新主體開展創新行為。《國家中長期科學和技術發展規劃綱要（*-2020年）》和《中共中央國務院關于實施科技規劃綱要提高自主創新能力的決定》中都明確提到運用稅收政策激勵自主創新，說明稅收政策的功能作用得到了更為全面深刻的認識，預示著稅收政策將在更多方面發揮出重要作用。運用稅收政策增強自主創新能力任重道遠，必須科學地設計政策措施、實施范圍和實施步驟。然而，縱觀我國當前整體稅制結構和稅收政策，尚存在諸多不相適應的問題。本課題以對自主創新內涵的深入分析為基礎，力圖找出現有稅收政策體制中不利于自主創新的一面，推動理論研究和實踐中問題的解決，充分發揮稅收政策的激勵作用，增強我國自主創新能力。
一、自主創新的內涵及其稅收政策研究的背景
（一）自主創新的內涵界定
“創新理論（InnovationTheory）”由熊彼特（1912）首次提出，他認為，“創新就是生產函數的變動，而這種函數是不能分解為無限小的步驟的。”正是在理論創新、科技創新、文化創新、制度創新以及其他各方面創新的推動下我們的社會才會得以進步?！吨泄仓醒腙P于制定經濟社會發展“十一五”規劃的建議》提出“立足科學發展，著力自主創新，完善體制機制，促進社會和諧”，把增強自主創新能力提到了實現科學發展、推動民族振興的戰略地位，致力于走中國特色的自主創新之路，建設創新型國家。
自主創新在當前時代被賦予了更深的內涵?！秶抑虚L期科學和技術發展規劃綱要（*-2020年）》中指出，“自主創新，就是從增強國家創新能力出發，加強原始創新、集成創新和引進消化吸收再創新?！睂Υ耍袑W者作了進一步論述，“自主創新，主要指科學技術領域的創造性活動，大體有三方面內容：一是原始創新，以獲取科學發現和技術發明為目的；二是集成創新，將多種相關技術有機融合，形成新產品、新產業；三是引進消化吸收再創新。自主創新的成果，一般體現為新的科學發現以及擁有自主知識產權的技術、產品、品牌等。”[1]自主創新要求創新主體以自主的研究開發為基礎，實現科技成果的商品化、產業化和國際化。我們認為，要準確把握自主創新的內涵，有必要清楚地界定以下幾個方面。
1，自主創新的主體是企業，政府發揮主導作用
企業是市場經濟的原細胞，是經濟活動開展的基本要素。要有效的運用市場經濟機制，實現創新與市場、創新與資源、創新與現實生產力的整合，必須明確和強化企業在自主創新中的主體和核心地位。目前世界科技研發投資的80%、技術創新的71%，均由世界500強企業所創造和擁有，62%的技術轉讓在500強企業間進行。20世紀80年代中期，許多日本大企業紛紛設立基礎研發所，并不斷增加投資。近百年來，社會經濟發展中真正起巨大推動作用的科學技術成果幾乎都來自企業，如通訊領域中的貝爾實驗室、航空領域中的波音和空客、化工領域中的杜邦和拜耳、計算機領域中的英特爾等。[2]大企業以其雄厚的實力掌握著自主創新的重要資源，加強對其的創新激勵是應有之義，與此同時我們也要加大對中小型企業的扶持力度，培育出若干具有競爭力的骨干企業集團，從而將中小企業的創新活力與大型企業的雄厚實力結合起來，共同提升自主創新能力。只有企業自主創新能力得到全面提升，掌握更多的自主知識產權，才能突破發達國家及跨國公司的科學技術壟斷，爭取更為有利的貿易地位和競爭優勢，才能為提高我國綜合國力和國際競爭力提供重要支撐。
然而，受內部因素和外部環境制約，企業可能不愿意或沒有能力開展某些方面的自主創新，從而出現“市場失靈”，此時必須發揮政府的主導作用。政府既是自主創新體系建設的規劃者、組織者，又是體系內通過法律保障、政策引導、資金投入、組織和協調等促進其他要素發揮作用的重要因素。更重要的是政府可以營造以企業為主體進行投入、合理劃分風險和收益的制度環境。政府的主導作用是以企業創新活力的增強為基礎和目的的，不可取代或壓制企業的自主創新。
2，自主創新是一項綜合性強，又重點突出的系統工程
總書記在*年全國科學技術大會上的講話中，分別從指導方針、戰略地位、體制機制、人才環境、文化精神等五個方面揭示了建設創新型國家的條件和任務，除了技術、人才和資金，更強調建設創新型國家必需的制度環境，涉及社會的方方面面，是一個融合了各種環境因素的系統工程。
（1）需要社會各方面的參與、協調
自主創新涉及到社會的方方面面，從選題、立項、研究、試驗、推廣應用等全過程來看，周期長，難度大，既需要政府的政策支持，又需要社會鼓勵創新環境的培育；既需要科研院所高新理論和尖端技術的支撐和指導與合作，又需要企業的具體執行和反饋；既需要人才投入，又需要資金投入。增強自主創新能力，必須加強包括政府、企業、研究機構、大學、中介機構等要素在內的國家創新體系建設，確保這些要素互動、協調、整合，形成強大的合力。
（2）需要各種政策的配合
吳敬璉提出“制度重于技術”[3]，自主創新能不能很好地開展，能不能調動相關企業、部門的創新積極性，制度環境起著重要作用。作為制度的中心部分，首要的是看政府的各項政策能不能增加創新主體的預期收益，降低創新成本，削弱創新過程的不確定性。然而，不同的政策其側重點有所不同，財政政策、稅收政策、金融政策等著重于擴大自主創新的投入，知識產權政策旨在于保護創新者的收益，教育和人才政策旨在于為自主創新提供后備力量，激勵人力資源投身到創新過程中。應該指出，各項政策又不是截然分開的，其間有著內在聯系，相互推進，只有緊密結合，才能集聚自主創新所需的人、財、物各項資源，保證自主創新機制的順暢運行力。
（3）自主創新要突出重點
自主創新要堅持以服務社會經濟可持續發展為主線，把握科技發展的戰略重點，在當前資源有限的情況下，加強統籌規劃，重點突破，把國民經濟、社會發展和國防安全中需要重點發展、亟待科技提供支撐的產業和行業作為重點領域，加快突破其中瓶頸制約嚴重、又具備一定技術基礎的關鍵技術和共性技術。在自主創新三項內容中，立足于做好引進消化吸收再創新和集成創新，著重強調原始創新，力爭掌握更多的自主知識產權。
3，自主創新是一個具有開放性的發展過程
自主創新要以自我為主，立足于自身的潛力開發，強調形成內在的創新能力，但是并非拒絕外力。創新本身就是一個動態的開放的過程，任何國家和地區都不可能封閉起來謀發展和搞建設，引進技術消化吸收再創新作為自主創新的一項重要內容，是我國作為發展中國家的必然選擇。目前，我們國家三分之二的企業沒有研發機構，四分之三的企業沒有研發能力，我國企業研發經費投入只占銷售額的0.54%，而發達國家企業平均達到4%到5%.我國是外貿大國，但技術依賴度高，有自主知識產權的產品只占整個外貿的2%.[4]我們應以掌握核心技術、發展壯大知識產權儲備為宗旨，正確處理各方面關系，在加大技術引進以及開辟更廣泛的交流與合作基礎上，完善引進技術的消化吸收再創新機制，有效整合企業外部乃至全球科技資源，開展聯合創新，充分利用全球化帶來的機遇，向一切人類優秀文明成果學習。
同時，自主創新追求的是一種量變到質變的過程，從創新能力較弱到較強的演進過程，是一個綜合素質不斷提升的過程，不可能畢其功于一役。自主創新沒有終點，判斷自主創新能否成功的標志并不是有沒有取得科技等方面的領先水平，而是有沒有形成不斷創新的良好機制，有沒有不斷的求新求變的眼光和實力。只有把自主創新看過一個過程，才能避免搞運動，一味蠻干，才能避免急躁情緒，才能清楚地認識到自身的不足和發展的途徑。
4，自主創新的核心是以人為本
科學技術的飛速進步，使得社會經濟從以物質資源為主的發展轉向以人力資源為主的發展，對“人”的投入已被視為最重要的“戰略性投資”。人是整個創新活動的主體，自主創新既要以人才為后盾，又要著眼于促進人的全面進步。自主創新要求實現“產學研”相結合，其中既需要科研機構、大專院校的科研人員的辛勤勞動，也需要企業技術人員、銷售人員和后勤人員的積極參與，在此過程中，要充分利用各種激勵機制和措施，發揮各類參與者的積極性。
自主創新要以市場為導向，滿足人的合理需求，以人為本，堅持促進人的發展完善，強調有益的一面，拒絕有害的一面，在當前情況下，尤其要注意環境保護，注重社會經濟的可持續發展，為人類營造一個良好的生產生活條件。
（二）加強自主創新稅收政策研究的歷史背景
自主創新是我們國家做出的一項重要戰略選擇，如何推進自主創新，增強我國自主創新能力成為一個重要課題，其中首要解決的就是激勵機制的建立。稅收政策以其特有的功能發揮著對自主創新的激勵作用，國外利用稅收政策鼓勵創新的經驗也告訴我們，有必要加強我國對增強自主創新能力稅收政策的研究和實踐。
1，增強自主創新能力是國際趨勢
人類社會正在經歷一場全球性的規?？涨暗目茖W技術革命，經濟增長方式發生著從要素驅動型向創新驅動型的根本轉變，能否抓住這次科技革命的機遇來提升國家的科技實力和經濟實力，將決定各國的生存、發展和國際地位的獲得?？v觀世界經濟發展的歷史，自主創新能力的高低，決定著一個國家經濟發展的前途命運。英國和美國之所以能夠分別在工業革命中和20世紀初開始走在全球經濟發展的前列，得益于掌握了當時的先進技術。而20世紀80年代以來，美國政府重點支持科技產業和日本政府引導投資房地產，從而帶來的美國經濟增長和日本經濟衰退則說明了自主創新能力特別是原始創新能力在經濟發展中的重要作用。20世紀后期靠引進資金、技術而實現經濟騰飛的亞洲“四小龍”等國家，由于缺乏自主創新能力，經濟發展到了一定階段就顯得后勁不足。[5]
目前，我國高新技術產業存在的主要問題有：（1）科技總體投入水平仍然很低，中國與其他國家高新技術產業在研發強度上的差距很大。美國、日本、歐洲國家，甚至韓國，它們的研發經費占產業增加值的比重都達到20%以上，而中國高新技術產業的研發強度僅為5%；（2）產品附加值低。中國的高新技術產業處于全球高新技術產業的低端，以加工生產為主，對核心技術的掌握水平低；（3）對國外技術的吸收轉化率較低，基礎技術和關鍵技術落后。日本與韓國技術引進與消化吸收的比例大致保持在1：3的水平，相比之下，2001年我國高新技術產業技術引進與消化吸收的比例僅為1：0.047，造成“引進——落后——再引進——仍然落后”，致使我國高新技術產業發展難以擺脫對國外技術的依賴；（4）高新技術企業融資渠道狹窄，對外資依賴程度高。由于創業投資機制尚未真正建立起來，社會風險資本嚴重短缺，高新技術企業的融資渠道較為單一，致使高新技術研究成果難以轉化為高新技術產品；（5）加入WTO以后，我國長期以來實行的以市場換技術的思路受到挑戰。我國政府承諾遵守的《投資措施協議》，就包括確保在外資進入中國市場時，不以提供補償、技術轉讓或在中國進行研究與開發為條件。
我國科學技術總體水平與發達國家還有較大差距，優秀科研人才匱乏，關鍵技術自給率和科技應用水平都明顯偏低。我國科技進步對經濟增長的貢獻度不足30%，明顯低于發達國家60%－70%的水平；在全世界近50個主要國家中，我國科技創新能力僅居第24位；全國科技研究開發經費不足2000億元，尚不到美國的1／20和日本的1／7，研究與開發支出占國內生產總值比重為1.35%，與美國2.8%和經合組織國家2.26%的水平相比仍有較大差距；我國對外技術依賴度高于50%，而發達國家都在30%以下，美國、日本則僅為5%左右。在占固定資產投資40%左右的設備投資中，有60%以上需要進口，而高科技含量的關鍵裝備基本上依賴進口，關鍵技術和核心技術受制于人的狀況十分突出。[6]隨著勞動力成本的不斷提高，中國勞動力的比較優勢不斷弱化，缺乏核心技術的中國企業面臨著越來越嚴重的國際競爭壓力。中國不得不付出所生產的手機價格的20%、計算機價格的30%、程控數控機床價格的40%作為專利費用，其根源即在于自主創新能力不足，缺乏具有自主知識產權的核心技術。我國經濟至今仍未擺脫高投入、高消耗、高污染、低效率的增長方式，面臨著越來越緊迫的資源問題和環境問題，各國的經驗表明，依靠科技進步，才是解決這些問題的主要出路。在知識經濟時代，經濟全球化背景下不斷加劇的各國家、各地區之間的競爭歸根到底也就是科技水平的競爭，其潛臺詞則是自主創新能力的差距。如果不能形成中國特色的自主創新體系，從而提高利用科技手段解決可持續發展重大問題的能力，我國社會經濟發展的成本將越來越大，在日趨廣泛和深入的國際競爭中將會越來越被動。
我國要實現全面建設小康社會的目標，到2020年“翻兩番”，意味著從改革開放開始，要連續40年保持7%以上的經濟增長，更需要大幅提高科技進步貢獻率。重視基礎研究，加大對關鍵技術、共性技術領域的科技投入，將是我們的唯一選擇。因此，基于資源供應、國際競爭壓力及建設小康社會目標等多方面的考慮，我國的黨和國家領導人提出了增強自主創新能力，用15年時間使我國進入創新型國家行列的目標。國務委員陳至立在中國科協*學術年會開幕式上題為《自主創新與可持續發展》的報告中，用了三個“破解”來詮釋自主創新的重大戰略意義：自主創新是破解結構不合理和增長方式粗放等國民經濟重大瓶頸難題的必然戰略選擇，自主創新是破解關鍵技術受制于人難題的戰略安排，自主創新是破解提升國家競爭力難題的重大部署。而對于正處于新一輪跨越式發展關鍵時期的福建省來說，自主創新更是推動經濟結構調整和增長方式轉變的關鍵環節，是實現社會經濟持續協調快速發展的核心動力。
2，稅收政策是增強自主創新能力的重要手段
自主創新具有重要的戰略地位，然而存在的外部性等“市場失靈”問題以及其對資源的大量需求，如果僅僅通過市場來進行調節并不能有效的鼓勵自主創新行為的發生。國家應從政策上扶持對社會經濟發展具有重大帶動作用的自主創新行為，包括實施相應的財政政策、稅收政策、金融政策和發展創業風險投資等，[7]運用政府這一“有形之手”牽動市場這一“無形之手”，使市場主體即有創新動力，又有創新能力。要加快制定一批相互銜接、互相配套的激勵創新的政策，營造有效開展自主創新的軟環境。稅收政策以其最大可能的中性，既能夠充分發揮激勵作用，又能通過利用市場機制進行調節，以稅負的差異性和課稅環節的選擇誘使企業自主從事創新行為，最大限度地避免對經濟運行過程的扭曲，在政策組合中居重要地位，并能最終形成“稅收優惠——創新投資增加——稅收增加——稅收優惠放大——創新投資放大——稅收收入放大”的良性循環。
世界各國均非常重視運用稅收政策來提高本國的自主創新能力，特別是那些世界公認的創新型國家，如美國、芬蘭和韓國等更是如此。各國具體的政策措施雖不盡相同，但基本上都以實施企業所得稅優惠政策為主，同時采取增值稅、關稅和消費稅等其他稅收政策以鼓勵創新行為。主要包括：確定適當的總體稅負，為企業進行自主創新投資、謀求長遠發展留有余力；制定一系列的稅收優惠措施，合理分擔企業自主創新的成本和風險，提高科技投入收益率；運用稅收政策，鼓勵社會對人力資源的培育和開發等。如1995年法國政府把向小企業征收的利潤稅從33.33%降至19%，以鼓勵企業再投資和間接提供小企業持續創新所需要的資金，對企業的注冊稅和公司稅也相應下調，對實行新技術的企業給予50%的稅收減免，這些對創新主體來說無疑是利好消息。
我國自20世紀90年代初就開始初步建立增強自主創新能力的稅收政策，但是并沒有形成一個完整的體系，政策手段比較單一，真正發揮實效的并不多，存在著稅收立法滯后、內外資企業所得稅不統一和生產型的增值稅等妨礙自主創新的問題，迫切需要在“十一五”期間加快建立和完善提高自主創新能力的稅收政策。若能建立和完善稅收政策的激勵機制，增強企業自主創新的內在動力，必將推動我國自主創新能力的提升，增強我國的綜合國力和國際競爭力，這也是本課題研究的立足點和根本目的所在。
二、我國運用稅收政策增強自主創新能力的現狀及存在的主要問題
在增強自主創新能力的過程中，稅收政策可以起到以下幾個方面的作用：為創新籌集專項資金、降低創新的成本、減少創新的投資風險、增加創新的預期收益、引導和促進經濟與環境兼顧的創新行為。[8]我國一直注重鼓勵創新，尤其是改革開放后，稅收日益成為我國政府的重要調控手段，促進自主創新的稅收措施也逐漸豐富，在鼓勵研究開發投入、創新投資、技術設備更新改造及技術引進、發展科技服務、科研人員從事創新行為、科技成果產業化以及支持科技體制改革等方面發揮了重要作用。本課題力圖找出現有稅收政策在鼓勵自主創新上仍然存在的不足并提出自己的建議，首先主要從立法層次、所得稅、增值稅、關稅以及存在的政策真空等方面，探討增強自主創新能力稅收政策運用的現狀。
（一）立法層次
自主創新是在我國社會主義市場經濟條件下進行的，市場經濟要求以法治國，政府的行為和政策的制定都要以法律為依據，增強自主創新能力稅收政策的制定和執行同樣如此。我國現行稅收立法體系主要有憲法、法律、行政法規、地方性法規和規章等。[9]在促進自主創新方面，早在1958年公布實施的《工商統一稅條例（草案）》第十條中就有規定：科學研究機構的試驗收入免納工商統一稅。改革開放后，我國就鼓勵科技發展和自主創新和修訂了眾多的法律法規和規章。但是，現行優惠政策大都是通過對基本稅收法規的某些條款進行修訂、補充形成的，散見于各類單行法規或稅收文件中，仍存在以下問題。
1，稅收立法層次較低，結構顯失均衡，法律效力不高
1994年稅改時建立的我國現行稅制體系包括29個稅種，[10]由全國人大制定的稅法只有四件[11].《中華人民共和國立法法》第九條規定，對于全國人大常委會專屬立法權的事項，尚未制定法律的，全國人民代表大會及其常務委員會有權做出決定，授權國務院可以根據實際需要，對其中的部分事項先制定行政法規。由于稅法條款比較簡略，執法中難以操作，因而需要各類行政解釋填補法律空白，絕大多數關系到納稅主體權利義務的稅種，都是由國務院頒布的暫行條例、草案、規定、辦法等行政法規予以規定，造成補充規定的份量大大超過稅法條文的現象。這種做法雖然靈活，但大量稅法行政解釋既造成稅法效力弱化，相互沖突，而且引發事實上的行政權沖擊立法權，同時也造成了自主創新稅收優惠政策化色彩濃厚，層次低，并且具體條款頻繁修改，缺乏應有的權威性、規范性和穩定性，鼓勵創新的稅收政策難以得到有效執行。
我國稅收程序法律也難以滿足創新實踐的需要。現行《中華人民共和國稅收征收管理法》及其實施細則對稅收程序的規定過于簡單化、原則化，可操作性差。只重視對納稅人和稅務機關的監督，忽視對相關部門的制約，尤其是對有關部門配合和支持稅收工作的具體義務和不履行這些義務所應當承擔的法律責任沒有明確規定。
從總體上看，我國針對自主創新稅收優惠立法一直沒能很好的貫徹稅收法定原則，除有限的幾部法律規定了自主創新稅收優惠措施外，其余的自主創新優惠措施則大量出現在行政法規和財政部、國家稅務總局下發的通知、規定和辦法中，且多為依據經濟的發展狀況和國家產業政策的調整變化而制定，缺乏系統性、完整性。這種極具變化性的通知、規定和辦法，通常不能得到及時、廣泛、有效的宣傳，有些稅收政策的條款規定過于簡單，彈性甚大，給稅收政策的操作實施帶來一定的難度，使得行政機關事實上行使了稅收立法權，在一定程度上影響了其效用的發揮。
2，稅收立法技術含量低，缺少預測性、規劃性和針對性
客觀地說，我國稅收立法技術水平不高，無論從稅收立法原則的確立、立法時機的選擇，還是稅法的結構安排、稅法形式與級別的選擇等，都存在著不同程度的問題。稅收立法行政化導致部門自立規章現象普遍，加之許多稅收規章屬應急措施，大量的自主創新稅收優惠措施既有為實現各種社會經濟政策目標而制定，也有很多屬于臨時之舉，治標不治本，而且各種自主創新稅收優惠措施由于是在不同的歷史階段逐步形成的，相互之間缺乏協調和配合，甚至相互沖突。這種情況一方面損害了自主創新稅收優惠立法的規范性，另一方面也影響了自主創新稅收優惠作用的有效發揮。稅收立法缺乏嚴格論證，難以體現立法者的立法思想和意圖，制定出來的規章與稅收法律、行政法規不相銜接，稅種之間相互沖突的現象也時有發生。這種情況下，更談不上對立法的科學預測和規劃。
同時，我國激勵自主創新的稅收優惠方式單一，雖然是為了操作簡便、易為征納雙方把握，但引導企業增強自主創新能力的效用不顯著，而且政策的多變性易導致短期行為，對自主創新能力的增強缺乏持續有效的激勵。按照現行稅法的規定，激勵自主創新的稅收優惠是以企業為主而不是以具體的項目為對象，使得一些企業的非技術性收入也享受了稅收優惠待遇，造成稅收優惠泛濫，而且使得一些經濟主體的有利于技術進步的項目或行為不能享受到稅收優惠，造成稅收優惠政策缺位，最終降低了稅收優惠政策的效應。
自主創新是一項連續的發展的系統工程，其涉及因素之多，范圍之廣，存在著多種演進路徑，而立法缺乏預測性，無法及時反映環境和形勢的變化，對自主創新行為的激勵可能落后于或不適應現實需要，規劃性的缺乏也導致創新主體無所適從。稅收規章的制定頒布隨意性較大，如果政府為了自身的利益肆意頒布更改法規，那么將造成創新主體對創新行為收益預期的不穩定。
3，稅收立法以聚財為目標，對經濟調節不力，缺乏透明度
實施新稅制后的稅法，其特點是聚財功能更加強化。在稅制結構上，確立了流轉稅和所得稅的雙重主體稅種法律地位；在財稅體制上，確立了分稅制，強化了稅權；在稅收征管模式上，普遍建立納稅申報制度，積極推行稅務制度等，降低征稅成本。恰恰是這種稅制忽視了更深層次的來自經濟主體自身的對效率的追求。為了聚財，導致對創新行為的不重視，優惠措施難以制定和執行。
實現立法的公開與透明，將其置于“陽光之下”是稅收法治化的必要條件，也是更充分地發揮稅收積極調節作用的重要前提。只有讓創新主體參與到事關影響自身利益的稅收立法之中，充分表達其意愿，才能保障其民主監督權利，從而有利于提高人們遵照稅法開展創新行為的自覺性和主動性。創新主體可以在法律許可的范圍內，根據政府稅收政策的導向，結合創新需求進行稅收籌劃，從而盡可能地減少稅收負擔，獲得稅收優惠利益，也有利于稅法的貫徹實施。當前，我國雖然對于稅收法律實施了聽證制度，但大多數稅收法律規定仍缺乏專家和社會公眾的廣泛參與和討論。由于稅收立法的不透明，創新主體難以有效地反映遇到的問題，一方面無法確定自己進行的稅收籌劃是否在法律允許的范圍內，另一方面創新主體往往因部分納稅人通過鉆法律的空子來減輕稅負的行為受損失，被迫耗費人力、物力去進行稅收籌劃。
（二）我國現行所得稅政策在增強自主創新能力方面存在的問題
*年，我國完成企業所得稅收入4363.1329億元，外商投資企業和外國企業所得稅收入1147.6932億元，個人所得稅收入2093.9136億元，各類所得稅收入共計7604.7397億元，占全年稅收總收入30865.8317億元的24.64%，占當年國內生產總值的182321億元的4.17%.[12]所得稅在社會經濟中發揮著重要的調節作用，也成為我國鼓勵自主創新的一項重要手段。
從我國現行的所得稅政策來看，在科技投入、科研活動、高新技術產業發展等方面都已有了相應的稅收激勵措施，調整也比較快。但是不難發現，現行企業所得稅制在增強企業自主創新能力方面仍存在著功能缺陷，主要表現在以下幾個方面：
1，現行所得稅優惠方式仍顯單一
目前我國已經采用了多種稅收優惠方式，但有較多限制。例如，我國現行所得稅對新產品、新技術和新工藝采取實際發生的經費可以在稅前扣除，當年比上年增長超過10%時，另加50%稅前扣除的優惠，但由于可享受稅收優惠減免的技術開發費是當年實際發生額，加之以企業盈利為前提，并存在一定時效性，而當前我國企業規模普遍較小，效益欠佳，每年研發投入較少，得到的實惠其實并不多。
我國現行個人所得稅除了特殊獎金與政府特別津貼，幾乎沒有針對高科技人才的稅收優惠政策，對科研人員的激勵措施也不夠。科技人員是自主創新的主力軍，為使這支隊伍保持旺盛活力，科研院所和企業在工資、獎金和福利方面給予了科研人員優厚的待遇，其人均月工資水平要大大高于一般工業企業。對于高科技企業來說，其對科研人員的工資獎金總額已占據生產成本的主要部分。但企業所得稅中規定的計入成本的“計稅工資”限額只有1600元，除此之外的工資、獎金，企業要從稅后利潤中支付。一方面加大了企業人力資本的負擔，減少了企業稅后的純利潤，導致企業無力繼續擴大技術創新的投入；另一方面企業用稅后利潤發放職工工資、獎金時，為穩住人才，不得不替員工交個人所得稅，這造成了企業的重復納稅。雖然個人所得稅對科技人員技術成果獎勵實行免稅的優惠政策，但要求太高，大多數技術人員的獎勵仍需繳稅。同時，現有政策對以技術成果入股所取得的股權免稅，但個人取得按股份、出資比例分紅或轉讓股權、出資比例所得時要照常納稅。這些都打擊了科技人員的創新意愿。
2，現行所得稅仍存在歧視性待遇
我國國情決定了我們必須“有所為、有所不為”，集中力量辦大事，在一定時期內重點突破，以創新點帶動創新面的鋪開?；诖?，對于不同的地區，不同的產業，甚至不同所有制單位采取了不同的稅收政策，在達到特定目的的同時，卻違背了稅收公平原則。對高新技術產業開發區區內企業所得稅的眾多優惠，使得區內非高新技術企業也能享受所得稅優惠政策，而區外的高新技術企業卻不能享受到稅收優惠政策支持，導致許多企業為了進入高新區享受優惠不是在科技創新上下功夫，而是在“新產品”、“高科技企業”的認定上鉆空子，“假注冊”、“貼標簽”等行為屢見不鮮，既不利于政策目標的實現，也不利于發揮正確的引導作用，事實上包括減免稅停止日期等規定反而保護了落后企業。
內外資所得稅不統一長久以來為人們所關注，現行企業所得稅制都實行33%的比例稅率（外商投資企業和外國企業所得稅率為30%，地方所得稅稅率3%），但外商投資企業和外國企業稅收優惠條款多，實際執行差異更大，造成內外資企業所得稅負不盡公平合理。外資企業享受的“超國民待遇”，既不利于內資企業公平競爭，實現原始創新，而其規定的不規范事實上也不利于真正求發展的外資的引入。例如，生產性外商投資企業，經營期在十年以上的，從開始獲利年度起，第一和第二年免征企業所得稅，第三至五年減半征收企業所得稅。但對新辦內資高科技企業，自投產之日起，只能二年內減免企業所得稅。事實上，許多內資高科技企業難以享受到這個稅收優惠，因為高科技項目從研究開發、批量生產，到開辟市場，其周期一般較長，大多要超過二年，等獲利時已過優惠期限，得不到對持續創新行為的激勵。
所得稅優惠的歧視待遇同樣存在于內資企業內部。《關于企業所得稅若干優惠政策的通知（財稅字[1996]119號）》規定，對科研單位和大專院校服務于各業的技術成果轉讓，技術培訓，技術咨詢，技術服務，技術承包所取得的技術性服務收入暫免征收所得稅。而《國家稅務總局關于享受稅收優惠政策的科研單位認定問題的批復（國稅函[1996]256號）》專門指出，上述所稱的科研單位是指全民所有制獨立核算的科學研究機構，不包括企業事業單位所屬研究所和各類技術開發、咨詢、服務中介組織。
3，現行所得稅費用扣除標準苛刻
許多國家都允許企業將用于科研、試驗的投資，以一定的比例或全部作為費用扣除。如澳大利亞規定，對專門用于科研的建筑和設備的費用，可以按照不少于3年的時間扣除；對居民公司每年在澳大利亞使用的科研開發費用超過5萬澳元的部分，可以準予升值按照150%扣除。這一政策適用于基礎研究、應用研究、使用早期科研成果和經驗進行試驗性開發、創新或者改進原材料、設計、產品、勞動條件、工序流程所發生的費用。[13]
美國的科技稅收政策規定，納稅人可以把發生的與貿易或商業活動有關的研究和試驗支出作為直接可扣除費用予以抵扣，而不必作為計提折舊的資本支出。凡是當年研究與開發支出超過前3年的研究與開發支出平均值的，其增加部分給予25%的稅收抵免；企業向高等學校和以研究工作為目的的非盈利機構捐贈的科研新儀器、設備，可作為慈善捐贈支出，視同費用，在計稅時予以扣除。法國規定以教育和科學研究為目的而建立的非盈利公司，其有關的經營所得不予課稅．無關的或關聯不大的經營所得只按較低稅率計征，相當于正常稅收負擔的一半；專利損失準許從綜合所得中扣除。加拿大對研究和開發方面發生的當期費用和資本費用，規定允許在發生當年直接沖銷．按100%扣除；同時納稅人可以額外扣除其前3年平均支出的50%（1O0%扣除之外的附加扣除），作為增加其研究與發展費用的附加津貼。對以非盈利為目的而組建的科研公司實行免稅政策，盡管這類公司實體會取得一些在其他情況下應納稅的所得，但他們也不必繳納公司所得稅。[14]
當前我國的稅收政策只是對企業技術開發的新產品所帶來的利潤予以一定的稅收減免，對企業用于科研開發的投資以及產品開發、轉化過程中發生的費用，在稅收上沒有給予更多地考慮?，F行所得稅費用扣除上雖然也強調技術開發費并做出了相應的規定，但是扣除額、扣除方式以及一些其它限制條件較多，難以有效的鼓勵創新。
（三）我國現行增值稅政策在增強自主創新能力方面存在的問題
*年，我國國內增值稅收入10698.2857億元，占全年稅收總收入30865.8317億元的34.66%，占當年國內生產總值182321億元的5.87%.作為我國的第一大稅種，增值稅在國民經濟中發揮著重要作用。然而，我國當前實施的增值稅政策建立于1994年，當時基于財政“兩個比重”嚴重偏低的壓力，選擇的是稅基最寬，離效率、公平目標也最遠的生產型增值稅。盡管如此，在鼓勵自主創新中已經發揮了重要作用。
增值稅作為我國第一大稅種，流轉稅的特性使其影響的鏈條極廣。與其它流轉稅相比，增值稅里有公平、中性、稅不重征、普遍征收的突出特點。從目前情況來看，主要存在以下問題。
1，增值稅稅額抵扣不徹底，增加創新主體的稅收負擔
我國當前實施的是生產型增值稅，它所實行的原則是“應納稅額＝當期銷項稅額－當期進項稅額”。由于以高新技術企業為代表的研發型企業主要靠智力勞動，比一般加工產業的資本有機構成高，其無形資產和開發過程中的智力投入占高新技術產品成本的絕大部分，產品的原材料、動力成本等所占的比例低，加之增值稅實行憑發票抵扣制度，能抵扣的當期進項稅額十分有限，而且研發企業的產品研發周期長、產品推銷成本高、科技含量高，所以產品的附加值就高，其結果就是高昂的應納稅額。而企業在產品的研發中高額的人力成本支出在目前我國增值稅的計算時并未列入成本，因此造成研發企業增值稅大大高于其他企業?，F有的增值稅征收措施嚴重影響了企業自主創新的積極性。
另外，現行增值稅的進項稅額中，不允許抵扣購買固定資產設備費用，而企業的自主創新，主要除了靠人才的智力勞動還要靠先進的技術設備，兩者相輔相成，缺一不可，自主創新所需要的先進技術設備一般成本高昂，所應用的一些高新技術也逐步物化在所購買的技術設備中。如果不允許這些設備在進項稅額中抵扣，一律放在固定資產折舊中處理，產品中相對較高的折舊費用得不到抵扣，一方面資金回收速度緩慢，另一方面在一定程度上形成了對高新技術產品的重復征稅，加重了企業的納稅負擔，不利于企業的創新。
2，增值稅出口退稅政策不穩定，稅負不公平
我國增值稅出口退稅政策的調整對于緩解政府的財政困難，穩定和擴大出口以及抵御亞洲金融危機的影響等方面都在特定條件下發揮了重要作用。但是，由于我國外貿企業對改革作用彈性非常大，對政策的抑制和鼓勵作用反應非常敏感，出口退稅政策不穩定也給外貿發展帶來了明顯的負面效應，容易引起騙取退稅行為的發生。目前，出口騙稅行為屢禁不止固然與海關處罰、打擊力度仍顯不夠有很大聯系，但也與我國退稅率參差不齊密切相關。國家每次提高了出口退稅率之后，高退稅率商品出口就會驟增，海關也會發現大量利用“多報少出、劣質優報、低質高報”等手段騙取退稅的現象。退稅率參差不齊，導致利益差距加大，騙稅分子更有利可圖。例如，服裝、陶瓷、電子產品等高退稅率商品，在調高退稅率前后貨物報價相差懸殊，明顯偏離市場正常水平。
依據我國現行出口退稅政策，絕大多數商品的退稅率不僅低于法定征稅率，一些商品的退稅率甚至低于實際稅賦水平，導致出口退稅不徹底，是退稅不足額的主要原因。退稅不足額則往往導致創新企業實際稅負的增加，削弱了其競爭力，也挫傷了企業創新投入的積極性。
3，增值稅小規模納稅人的界定限制了中小企業創新
《中華人民共和國增值稅暫行條例》根據生產經營規模和會計核算健全程度，將納稅人區分為一般納稅人和小規模納稅人，分別實行“購進扣稅法”和“簡易辦法”征增值稅。使小規模納稅人在市場競爭中處于不公正的地位，相對稅賦過高。首先小規模納稅人即使得到增值稅發票也無法抵扣。其次，本身不能開具增值稅專用發票，即使通過稅務局代開，得到發票的企業也只能按4%或6%進行折扣，作為廠家當然不愿從小規模納稅人處進貨，從而加大了這種稅收引致的不公平。
我國采用的是多檔稅率，有17%、13%、0以及6%、4%兩檔征收率，抵扣稅率有4%、6%、7%、10%、13%、17%.稅率差異導致的重復征稅主要體現在一般納稅人與小規模納稅人之間，小規模納稅人的稅負往往高于一般納稅人，只有一般納稅人的貨物增值率達到63.82%，一般納稅人與小規模納稅人稅負才相同，低于此增值率時小規模納稅人的稅負重于一般納稅人，因為小規模納稅人沒有進頂稅金抵扣。一般納稅人也同樣存在稅率差異導致的行政重復征稅。如果納稅人購進貨物適用免稅或低稅率，銷售貨物適用基本稅率，則這些購進貨物在新貨物售價中將被視為增值額重復計算征稅。
（四）我國現行關稅政策在增強自主創新能力方面存在的問題
*年，由海關代征進口稅收4220.0523億元，占全年稅收總收入30865.8317億元的13.67%，占當年國內生產總值182321億元的2.31%.扣除掉海關代征的增值稅，事實上，關稅無論從絕對數量上，還是從相對比重上都遠不如所得稅和增值稅，但關稅的特殊目的及其特殊征稅對象，使得其在自主創新尤其是引進消化吸收再創新中發揮著重要作用。
我國現行關稅在鼓勵自主創新，尤其是引進消化吸收再創新方面起到了重要作用，效果明顯，仍然需要改進的是以下幾個方面。
1，關稅優惠政策不規范
加入WTO后，我國對關稅優惠政策進行了更大規模的清理整頓，但關稅減免優惠仍然存在過多、過寬、過濫的現象，導向性不明確。同時，關稅優惠政策多為針對特定行業或區域甚至特定產品制定，包括很多各種臨時性通知，往往是應時而變，雖然在針對性和靈活性上具有一定的優勢，卻導致不同的創新主體站到不同的起跑線上，不利于公平競爭，抑制了創新主體的積極性。
2，關稅優惠政策實施力度不夠
現行關稅優惠政策的不規范也增加了海關辦稅的難度，更重要的是加大了企業利用這種優惠政策的成本。對享受優惠政策資格的過多限定，導致認證上的麻煩和手續的繁瑣，容易造成逃稅、騙稅等違法情況的發生，更容易誘使利用權力尋租行為的出現。
由于長期以來我國對進口整機設備實行免稅的優惠政策，實施中又存在簡單粗化的問題，致使許多企業在引進國外先進技術時，只重視成套設備的引進，缺乏對核心技術的引進、消化和吸收，并不能很好的體現政策的意圖。
（五）增強自主創新能力中需要稅收政策扶持的領域還存在著一定的政策真空
新中國成立后，我國分別于1950、1958、1973、1984、1994年進行了共五次大規模的稅收制度改革，尤其是1994年稅制改革，力圖全面改革工商稅收制度，基本上建立了適應社會主義市場經濟體制要求的稅制。同時，稅收征管及相關政策方案也得到了很大的完善。但是，要增強自主創新能力，還有很長的路要走。
1，各種政策，尤其是稅收政策之間的協調、配合不足
以往我國也為促進企業的創新能力出臺過優惠政策，但大多只能提一些方向，很難讓企業真正得到實惠，主要是由于過去國家各部門間缺乏協調。以往科技部出臺的政策，如果不能得到財政部、稅務總局的認可就實施不了。另外，中央和地方在鼓勵自主創新的具體措施方面也不盡協調。例如，按照國家統一政策，高新技術企業頭兩年所得稅按15%減免，某省曾經自行提出接下來三年繼續減免，最后卻不能執行，減的稅又要補回來。而分散于不同稅收文件中的多數優惠條款內容上存在交叉重疊現象，有些不合時宜的規定未及時廢止，優惠政策的穩定性差，稅收法規間的銜接不緊。
*年，自主創新迎來了一個更加有利的社會環境。在各有關部門的配合下，以往政策中與自主創新相矛盾的內容得到了清理，各部門之間雖然仍存在分歧，但基本上達成了一致，反映在《國務院關于實施〈國家中長期科學和技術發展規劃綱要（*-2020年）〉若干配套政策》中，新政策的可操作性明顯加強，而且很全面，包括金融政策，也包括稅收政策，在金融方面要創造更好的金融環境，讓那些發展中的企業能獲得金融資本的支持；也要通過對高技術企業的稅收政策，特別通過稅收的減免來鼓勵它在研發方面進行更多的投入。但是，總體上看，這種協調還是偶爾的，非常規的，在國務院的協調之下，并沒有建立長效機制。同時，各項稅收政策內部關系的處理，各個稅種之間的搭配還存在一定的問題。例如，我國增值稅中有對混合銷售和兼營業務征稅的規定，營業稅中也存在對混合銷售和兼營業務征稅的規定。以從事貨物的生產、批發、零售為主的納稅人，其涉及的混合銷售行為應一并征收增值稅。但是，當對該項混合銷售行為征收增值稅時，對其中的營業稅項目因為無增值稅進項稅金抵扣而稅負加重。增值稅尚未實行普遍征收，對從事計算機軟件開發銷售繳納增值稅的公司，同從事軟件所有權或專利權轉讓征收營業稅的企業相比，因為后者繳納營業稅使得前者得不到進項稅抵扣而稅負明顯加重。
2，增強自主創新能力稅收政策執行不力
一項政策作用的發揮必須著力于具體的執行，事實上，相關稅收政策執行上的不力已經成為制約激勵我國創新主體開展創新行為的一大障礙。
（1）增強自主創新能力稅收政策理解上的差異造成的執行難
如前所述，我國稅收政策的制定還存在諸多問題，包括法律級次低，絕大部分為各種行政法規，甚至以通知形式下達，穩定性較差，各種政策之間的協調性較差。同時受不同執行主體認知上的差異，即使一項鼓勵自主創新的政策得以制定，也往往難以有效的落實，其影響因素貫穿于政策制定、政策領會、政策執行原則、政策決策機制、政策執行條件、政策執行者素質和具體的政策執行環境。
強化宣傳是加深稅收優惠相關各方對稅收優惠政策理解的重要途徑。從目前福建省稅收政策宣傳方式方法來看，主要是通過納稅人自愿訂閱《中國稅務報》、《中國稅務》、《海峽納稅導報》、《福建稅務》等報刊以及稅務部門通過開展有限的稅收政策業務培訓或納稅服務中心發放宣傳材料、納稅人通過電話或到稅務機關咨詢等渠道，政策宣傳不全面，缺乏連續性、系統性，也制約了企業對優惠政策的理解和運用。
（2）政府主管上的不執行
自主創新需要一定的條件，有著其內在的必然規律。自主創新企業初期往往對利稅貢獻不大，但需要較多的投入，尤其是需要相關的配套基礎設施和服務。對于各地政府官員來說，在其有限任期內，鼓勵自主創新意味著高投入但較少產出，“叫好不叫座”，而相對應的一些創新要求比較少的傳統產業在維持現狀的情況下，也能產生較多的利稅。
有鑒于此，往往地方政府在具體稅收政策的執行中，傾向于多收稅少優惠，以實現財權最大化，即使是對中央政府乃至地方政府本身制定的優惠政策，也是“雷聲大，雨點小”，推諉扯皮現象嚴重，盡管這種行為無疑是短視的，必將破壞長遠發展的創新基礎。
3，增強自主創新能力稅收政策效果缺乏有效評估
稅收制度只是政府籌集財政收入的工具。作為政府為了增強自主創新能力通過稅收制度所作的一種間接支出，政府優惠政策把一部分該收的稅款事先就通過法律規定無償地讓給納稅人，其實質是政府對一部分財政收入的放棄，是國家財力分配的一條隱蔽的渠道。從廣義來理解，所有的增強自主創新能力的稅收政策帶來的優惠都可以看作是稅式支出[15]，即政府為了實現特定的社會經濟目標，以不同于直接財政支出的方式，通過稅收法律條款，以主動放棄部分稅收收入的形式面向特定納稅人提供的無償性資助，包括稅收豁免、納稅扣除、稅收抵免、優惠稅率、延期納稅、盈虧相抵、起征點、稅前還貸、優惠退稅等等。
既然被看作一種支出，就有必要進行稅收優惠的成本——收益分析。對已經存在的稅收優惠，為考察其利弊得失，決定其存廢留去，需要進行成本——收益分析；對行將設置的稅收優惠，為保證其取得預期的經濟效果，也要進行成本——收益分析。
但是，當前我國仍缺乏針對自主創新政策制定和執行的有效評估機制，對稅收優惠政策的實施監管不到位，停留在對優惠對象的優惠條件的審核環節，對政策的實施情況和效果缺乏系統的跟蹤管理、評估分析及目標考核，使得稅收優惠政策在實際操作中，出現濫用、難以執行，產生稅負不公等問題，妨礙了鼓勵自主創新功能的發揮。
4，增強自主創新能力稅收政策的國際協調重視不夠
全球化浪潮下國際經濟活動日益頻繁，稅收政策的制定和執行必須考慮到國家間的協調。稅收國際關系涉及稅制銜接和稅收管轄權的問題，由于各國稅制差異，如果處理不當會對當事各方產生多種不良影響。例如，鼓勵創新的稅收政策并不能得到國外的稅收饒讓，各國的各種增稅或減免稅措施相互抵觸，甚至其他國家采取的相應稅收措施演變成無休止的爭斗，結果將是事倍功半。
稅收國際協調的內容涉及稅收管轄權、稅收制度、稅收政策和稅務合作等，其主要形式為稅制改革、稅收宣言、稅收協定、區域協調和國際組織協調。例如，亞太經濟合作部長會議（APEC）2001年在上海召開了第9次各國領導人會議，宣稱“在APEC區域內對電子交易暫不征收關稅”。
當前，我國對稅收國際協調的研究仍比較薄弱，較多地從外交的角度考慮，在政策的制定過程中，重視不夠，不僅不能消除關稅壁壘、避免跨國所得和重復征稅，也不能促進各國互相變換有關信息，損害了稅收法律和政策的有效性，更使得我國的稅收大量流失到國外，而企業并不能真正享受到優惠。
5，自主創新稅收政策制定缺乏風險意識
（1）對自主創新企業風險缺乏考慮
稅收政策設計沒有考慮到開展自主創新企業所面臨的風險。自主創新的特點是高投入、高風險、高收益。然而，在稅收政策設計上卻忽略了其風險性。事實上，企業在自主創新中面臨著巨大的市場風險、開發風險和技術流失風險等，而目前我國的稅收政策只是對企業技術開發的新產品所帶來的利潤予以一定的稅收減免，對企業用于科研開發的投資以及開發過程中可能的失敗，在稅收政策上沒有給予更多的考慮。
這種忽略創新過程，重視經營成果的稅收激勵導向，必然抑制企業直面風險、開展創新行為的熱情，導致對中間產品的投入不足，一旦企業研發失敗，就無法享受到政策優惠，對于那些尚處于研發階段的企業來說，無疑會挫傷開展創新行為的積極性。
（2）對使用創新成果的激勵不足
我國稅收政策著重于企業開展自主創新，但對于創新成果的使用缺乏有效地激勵。由于科技創新成果的使用者往往在成果推廣應用初期對成果的使用方法不掌握、不熟悉，總有一種怕擔風險的心理，創新成果的初期使用中也確實往往存在著這樣那樣的風險。對使用創新成果者進行鼓勵，讓科技創新成果盡快轉化為生產力，將能發現創新中存在的不足，從而提高創新的效率，有效的解決技術創新中外部性問題。對使用創新成果的鼓勵，也促使創新主體在進行創新行為時不僅考慮該項目能否順利完成，更要考慮其創新成果的使用價值和應用范圍。
三、運用稅收政策激勵自主創新的建議
《國務院關于實施〈國家中長期科學和技術發展規劃綱要（*-2020年）〉若干配套政策》中指出了十個在營造激勵自主創新的環境、推動企業成為技術創新主體、建設創新型國家中需要特別強調的政策，稅收激勵位居第二。稅收政策功能作用得到了充分的肯定，而2001年——*年我國稅收彈性分別為2.63、1.46、2.15、2.71、2.02，[16]稅收收入保持了持續平穩的增長勢頭，為進一步的稅收政策改革提供了堅實的后盾，必須充分利用現有條件，根據創新行為的規律、動機、效果，結合國家大政方針、產業政策、市場導向，在稅收法律的保障下，科學地設計政策措施、實施范圍和實施步驟，強化稅收的引導效應和激勵效應，使增強自主創新能力的稅收政策具有針對性，并切實可行，推動“中國制造”轉向“中國創造”。
（一）加快稅收法制建設，規范自主創新稅收優惠立法
法律是市場經濟條件下各市場主體行為的基本準則，在保障和規范各創新主體的創新行為中發揮著重要的作用。加快稅收法制建設，整合現有法律法規，提升稅收立法級次，加快稅務機關與部門合作的立法規范，明確相關部門協作、配合的職責、義務和法律責任。
1，提升自主創新稅法的位階，構建完備的稅法體系
在完善憲法中涉稅內容的規定的基礎上，健全我國多層次的稅法體系，逐步改變目前以稅收行政法規為主的現狀，規范稅務部門規章的制定程序，保證稅收立法體系的完整性、協調性，從而提升高位階稅收法律在整個稅法體系中的比重，保證稅收立法的穩定性與權威性。借鑒世界上一些成熟的市場經濟國家通過制定頒布稅收基本法來統領、指導、協調各單行稅收法律、法規的做法，建立鼓勵自主創新的基本法律依據，相互協調、配合，共同促進稅法體系的不斷完善。[17]
我國現行的促進自主創新的稅收優惠政策，都是通過對一些稅收法規的某些條款進行修訂、補充形成的，散見于各類稅收單行法規或稅收文件之中，且很多的稅收優惠政策缺乏長期穩定性。為此，根據我國實際情況，國家應制定《國家高技術產業發展法》，從總體上考慮高技術產業發展戰略以及相關的財稅政策，制定專門的《財政激勵自主創新政策法規》、《稅收激勵自主創新政策法規》。其主要內容應包括：研究和判定予以鼓勵的自主創新及產業標準；明確財稅優惠政策的目標和具體受益對象以及相應的政策支持方式；加強對自主創新稅收優惠的管理與分析評估。同時，通過制定相關程序法，建立一套保證優惠政策有效實施的工作機制。
發達國家的經驗值得我們借鑒，法國針對本國在20世紀90年代高科技競爭中有所落后的狀況，制定《創新與科研法》，對推廣高科技成果、給予創新企業財政稅收優惠、鼓勵科技人員創建高科技企業，界定創業者法律地位等做出了明確規定。而美國為不斷強化其創新傳統和能力，專門制定了鼓勵技術創新、保護知識產權以及促進科技成果轉化的法律，內容涵蓋技術轉讓、聯邦政府研發經費管理、考核與激勵機制等諸多領域。*年，美國國會議員提出《國家創新法》議案，包括成立“總統創新委員會”、設立總統“創新加速鼓勵基金計劃”、大幅度增加基礎研究投入、永久減免研究開發稅收、加強創新人才培養、支持優秀中試平臺試驗、鼓勵對技術創新熱點問題開發等十大措施。[18]
2，完善自主創新稅收優惠立法技術，提高稅收立法的透明度
在提升自主創新稅法位階的基礎上，增強立法的前瞻性和規劃性?？煽紤]增加立法中專家參與的程度，集合社會科學類專家和自然科學類專家的智慧，做好自主創新稅收優惠立法的論證規劃工作，安排好立法順序，通過長期社會經濟發展趨勢預測和分析，使立法具有相對的前瞻性。稅收法律應具有較強的針對性和可操作性，但是要避免出現一事一法，一“人”一法，那樣反而會增加社會創新的成本。因此，要先從程序上去規范，杜絕立法模糊帶來的執行中的隨意性。稅收立法時，要注意不同時期優惠政策條款的銜接，制定清晰的、前后一致的及有預見性的政策，從整體上考慮稅種之間的內在聯系以及各稅種優惠形式的特點，根據社會經濟形勢發展的需要及時地進行法律的更新，既保持法律的穩定性，又使其具有靈活性?？紤]到現實情況，建議稅收主體法律每五年修訂一次。
要充分動員廣大納稅人參與立法活動。稅收立法注意聽取各種意見和建議，集中人民群眾的智慧，以法定的民主立法程序，來保證立法正確反映納稅人的共同意志；另一方面要堅持立法內容的民主性，在所制定的法律中詳細記載納稅人享有的民主權利的內容、范圍及實現途徑，以及保障這些權利得以實現的具體措施，真正使納稅人參與稅收立法的民主權利制度化，從而保證立法的公正性和科學性，以適應不斷發展的創新過程。
（二）完善所得稅優惠政策，鼓勵多種經濟實體加大自主創新的資金投入
通過企業所得稅優惠政策的合理制定和有效執行，鼓勵多種經濟實體加大對自主創新的資金投入，引導企業敢于創新、樂于創新。立足于增強自主創新能力，我國所得稅政策可考慮從以下幾個方面進行改革。
1，放寬所得稅扣除規定
可適當放寬固定資產折舊、壞帳準備金的提取、損失跨年度結轉等扣除項目的標準。如明確規定用于自主創新活動的新設備、新工具可以實行雙倍余額遞減法或年數總和法等加速折舊辦法，讓企業獲得遞延納稅的好處；還可考慮對技術先進的環保設備、國產軟件的購置和風險資本的投資實行“期初扣除”的折舊方式，允許在投資當年能扣除50-100%，以利于提高投資回收速度，促進自主創新產品的市場拓展。在壞賬準備計提的比例上，相應提高比重。在損失結轉上，參照國外的經驗采取“前轉”和“后轉”相結合的辦法，適當延長補虧的期限。
減少在限定性扣除項目范圍上的過多規定，包括利息支出、大修費支出、從提取的職工福利費中列支所謂福利人員的工資、業務宣傳費等。為了激勵企業對自主創新投入的長期穩定增長，可以考慮按近幾年來的平均數計算增長基數，從激勵企業對自主創新投入持續增長的目的出發，只要近5年的平均投入比為每年增長10%以上，均可按150%的比例扣除，當年不能全部扣除的余額結轉下年抵扣，辦法可參照企業所得稅虧損彌補的做法。
建立可在稅前列支的技術研發專項資金制度。可以借鑒日本《科學技術基本法》（1995）中“扣除相當于培訓軟件工程師開支20%和相當于售價2.5%的金額用做意外損失準備金”的規定和韓國關于企業計提技術開發準備金所得稅前列支的規定，準許企業按銷售或營業收入的一定比例設立各種準備金，如風險準備金、技術開發準備金、新產品試制準備金以及虧損準備金等，用于研究開發、技術更新等方面，將這些準備金在所得稅前據實扣除。
2，取消所得稅歧視
給予從事自主創新的企業的所得稅優惠政策，既不應按所有制性質，也不應按企業的當前經營狀況來確定優惠標準，要統一各類企業所得稅制度，以項目或創新行為為依據，將“特惠制”改為“普惠制”，公平稅負，強化對自主創新的激勵。
（1）取消自主創新優惠政策的各類所有制限制
無論哪一種所有制單位，都是市場經濟中的運行主體，享有平等的權利和義務，只有取消對特定所有制的優惠，才能使同類企業公平競爭，在創新中發揮各自的優勢。事實上，大批中小型民營企業在我國自主創新過程中已經并將繼續發揮重要作用。但是切勿矯枉過正，確保優惠政策執行中各創新主體都得到同等的對待。
（2）合并內外資企業所得稅
統一內外資企業所得稅，實行國民待遇原則。我國企業所得稅制度內外兩套稅法并存，在稅前扣除項目和標準方面“內緊外松”，在稅收優惠方面“內少外多”。實行內資企業與合資企業統一的財稅政策，既不論內外資企業，也不論企業是否有盈利，對符合自主創新企業條件的研究與開發，在初始年度都實行據實稅前列支，建立合資企業與內資企業之間公平的市場競爭環境，鼓勵內資企業站在同一起跑線上開展創新，減少其稅收負擔。
（3）建立針對自主創新企業的優惠政策
與WTO規則相適應，實現稅收優惠范圍由特定高新技術產業開發區內企業向真正的高新技術企業轉變，從支持產品向支持技術研究開發轉變，改變過去以區域為標準確定高新技術產業稅收優惠范圍的做法，使自主創新企業得到實惠，專心于創新行為，也推動原享受優惠的非創新型企業開展創新。
3，完善個人所得稅制，加大專項經費投入和科技人才培養，為增強自主創新能力所需人力資本提供支持
改進個人所得稅，實行綜合和分類相結合的個人所得稅制，對科技人員與創新項目掛鉤的收入給予一定的優惠，激勵科技人員積極地投身于自主創新之中?！秶鴦赵宏P于實施〈國家中長期科學和技術發展規劃綱要（*-2020年）〉若干配套政策》中指出，要完善高新技術企業計稅工資所得稅前扣除政策，可考慮擴大企業范圍，增大可享受優惠的人群。建議拓寬《國家稅務總局關于促進科技成果轉化有關個人所得稅問題的通知（國稅發[1999]125號）》中對享受優惠政策的科技人員必須為科研機構和高等學校的在編正式職工的規定，鼓勵社會各界人士廣泛參與自主創新，以成果而非身份限定范圍。
法國規定，公司出讓技術獲得符合條件的技術轉讓收入，作為長期資本利得，按19%的稅率納稅，而標準稅率為33.33%；個人的技術轉讓所得，也視同資本轉讓所得，按16%的低稅率納稅。后來又規定，從1997年起，在預定的產權轉讓尚未發生的情況下，以專利、發明或工業生產技術等無形資產向企業進行投資的投資者，所獲利潤增值部分可延期五年納稅。
參照此，建議對符合限定條件的科技人員因在研究開發中做出突出貢獻而獲得的雇主發放的科研獎金和科技發明的提成收入免征個人所得稅，對研究開發人員以技術入股的股權收益包括紅利和轉讓收入及股票期權轉讓收入免征個人所得稅，知識產權轉讓收入或特許權使用費收入享受與稿酬同等稅收待遇或更優惠待遇。取消對高新技術企業的計稅工資扣除限額標準，對經嚴格認定的研發人員工資，與軟件生產企業和集成電路設計企業一樣，按實際發生額在計繳企業所得稅前扣除。
（三）推進增值稅改革
作為我國第一大稅種，增值稅在自主創新中可以而且應當發揮更大的作用。改革可以從以下幾個方面著手。
1，加快增值稅的轉型
我國已在東北地區試行增值稅轉型并已取得一定效果與經驗，可以考慮加快生產型增值稅向消費型增值稅的轉型。即在增值稅進項稅額的抵扣中，可對購進固定資產支出額進行抵扣，也可充分考慮自主創新研發投入巨大而原材料消耗少的行業特點，同時允許抵扣外購的專利權和非專利技術等無形資產和技術設備的固定資產進項稅金，以減輕企業稅收負擔，促進企業加大科技研究與開發投入，增強自主創新能力。同時，企業研制屬于國家產業政策重點開發的高技術含量、高市場占有率、高附加值、高創匯且對本省乃至全國經濟發展有重大影響的新產品，其繳納的增值稅可依據不同情況給予一定“先征后退”的照顧。
當前情況下，考慮到增值稅涉及面之廣、數額之大，可在國家扶持自主創新能力產業結構調整的重點行業率先實行消費型增值稅政策，并逐步擴展針對增值稅增量的轉型改革。在增值稅轉型的基礎上，進一步完善促進企業自主創新的財稅政策，統一各類企業稅收制度、完善稅收抵扣、減免和加速折舊等政策，鼓勵企業加大研發、職工技術培訓和設備更新改造的力度，增強企業自主創新的內在動力，推進企業財務制度改革，營造有利于增值稅在推動自主創新中良好運轉的整體環境。
2，改革現有增值稅納稅人的劃分
按照創新行為的先進性和對社會的貢獻程度等判別享受優惠對象的標準，推進一般納稅人擴面工作，逐步放寬直至取消增值稅一般納稅人資格審批制度。根據增值稅的本質特征，只有全面實行環環抵扣的增值稅，其優勢才能充分發揮，否則，增值稅抵扣鏈條中斷，容易造成稅負不均和增大偷漏稅的可能。因此，理應是所有的企業都進入增值稅的抵扣鏈條。只有脫離該鏈條的企業才需要審批。在現有形勢下，可行的方案是先合理界定小規模納稅人企業的稅負水平。根據國際通行的20%左右的增值率為基準，考慮我國目前企業銷售利潤率的實際水平和現行增值稅一般納稅人3.8%左右的稅負率，可在理論上計算出小規模納稅人企業的合理征收率為2%——4%，結合其他因素。建議改革后工業性質的小規模納稅人企業征收率為4%，商業為2%，與現行征收營業稅的交通運輸、建筑安裝和郵電通訊等稅目大體相當。[19]通過降低小規模納稅人企業的征收率并最終取消增值稅一般納稅人資格審批制度，可以縮小了名義稅負與實際稅負的差距，降低中小企業的稅負，降低其進行創新的成本。
（四）積極利用關稅政策手段，激勵企業自主創新
加入WTO后，我國面臨的國際形勢依然嚴峻，在調整關稅的時候必須以增強自主創新能力為目標，將鼓勵引進國外先進技術、設備的重點轉到促進國內企業對引進技術進行消化、吸收，發展自主知識產權上來。
1，規范優惠措施，統一名義關稅和實際關稅
雖然我國關稅稅率經過多次的調整，現在已經大幅度降低，但因為大量關稅優惠政策的存在，使得名義關稅和實際賦稅仍存在脫離現象，有必要對各項關稅優惠政策進行梳理，調整關稅結構，改變重實物輕技術的傾向，規范國際貿易中技術轉讓和專利出口的稅收優惠政策，使創新主體在行為時能夠清楚地預知關稅政策走向。
進一步修訂完善有關科學研究、技術開發用品進口的稅收優惠政策，明確企業從事科技活動進口科研用品的稅收優惠待遇，降低創新型企業的整體稅負，使優惠措施落到實處，通過規范化促使創新主體明確規則，合理安排自身的創新行為。
2，完善出口退稅政策
實行全國統一的出口退稅政策，如統一實行“免、抵、退”稅方法計算應退稅額。降低政策門檻，對替代進口產品的重點產品的國內銷售視同出口，予以稅收優惠。
（1）強化技術手段，統一出口退稅辦法
建立國內征稅與出口退稅的一體化管理模式，實現征退稅信息對稱。首先，促進出口貨物的實際稅負與征稅率相一致。要嚴格推進依法治稅，堅決清理稅收減免、包稅、欠稅，堅持應收盡收，提高出口貨物稅收入庫率。其次，實現征退稅業務的合并。推行出口貨物“免、抵、退”辦法，實現征、退稅業務合并，合并生產企業納稅申報與退稅申報，使出口企業的退稅業務與納稅業務同時成為企業的日常稅收業務，從而實現征、退稅稅務機關合二為一。
（2）科學設定出口退稅率
出口退稅率的設計要以實現出口退稅政策目標為標準，同時兼顧財政負擔能力，不影響政府其他職能的發揮。出口退稅率的設計要從我國外貿出口和經濟發展的現狀出發，將征多少、退多少的徹底退稅原則、宏觀調控原則與國家財力原則結合起來。一是建立出口貨物實際稅收負擔狀況定期評估制度。二是為避免退稅率檔次太多、大幅度變動頻繁的狀況，應制定一組中性的中心出口退稅率，即經評估產生的實際稅收負擔率。同時，對征稅過程中的各種優惠減免進行清理和歸并，使中心出口退稅率盡可能接近或等于出口貨物法定征稅稅率。三是以法定征稅稅率為上限設計實際出口退稅率。
3，實行幾個轉變
運用進出口稅收政策支持企業建立技術研究開發中心，逐步從對進口整機設備的優惠，轉變到對國內企業研發具有自主知識產權的產品、裝備所需的重要原材料和關鍵零部件的優惠上來。鼓勵外商投資企業延伸產業鏈條，加大對國家鼓勵產業的核心零部件制造領域的投資。
逐步縮小內外資企業在進口稅收優惠政策上的差距，將原來用于進口設備的稅收優惠支出調整為對國內企業自主開發生產設備的稅收優惠支出。利用進口稅收政策引導外商投資企業將資金投入到高新技術、現代農業、環境保護等符合科學發展觀的領域中去。鼓勵外商投資的加工貿易企業，將技術水平高、增值含量大的生產環節轉移到我國，落地生根、轉型升級。
（五）消除自主創新稅收政策真空
稅收政策的調研、制定、執行、反饋和調整是一個相互緊密銜接的過程，必須予以綜合考慮，消除政策真空，形成各稅種有機結合、相互協調、相互補充具有合力的激勵機制，使各項鼓勵自主創新政策能得到切實有效的履行。
1，加強自主創新政策之間的協調，強化稅收政策的執行
在增強自主創新能力稅收法律的保障下，對目前相對零亂的政策進行清理，刪除徒有形式或重復累贅的政策，改造不合時宜或相互交叉的政策，增加有實質內容、有活力的新政策。政府在制定各項鼓勵自主創新政策的時候可召集各個相關部門進行充分的協商，建立相互的通報機制，促使各部門在制定部門內政策時協調行動，從全局出發確保創新優惠的可落實，避免各個部門間的相互推諉，多方位的監督也可以有力地打擊騙取稅收優惠的行為。
各級稅務部門要立足科技、經濟發展和社會進步大局，全心全意服務企業自主創新，在政策制定的基礎上，多渠道、多形式做好優惠政策的解釋和宣傳。增強稅務人員業務培訓力度，使其熟悉稅收優惠政策，改變滯后的納稅服務理念，主動去企業宣傳和解釋相關政策。稅務部門可以通過報紙期刊、發放單項稅種資料、政府網站公布、專題稅收宣傳講座以及利用稅務學會等研究機構的調研平臺，建立良好的信息溝通機制，鼓勵企業參與合法的稅務籌劃活動，在實踐中用足用活優惠政策。嚴格執行國家稅務總局制定的《稅收減免管理辦法（試行）》等相關規定，完善電子申報制度，“一窗受理，并聯審批”，減少優惠政策的審批環節，方便納稅人辦理減免稅手續。在加大優惠力度的基礎上，通過稅收的反向激勵促進傳統產業的創新，使得地方政府有動力去主動推進區域內企業的自主創新行為。
3，做好自主創新稅收政策效果的評估
國家應把增強自主創新能力的稅收政策作為宏觀經濟調控的重要手段納入國民經濟和社會發展的全局中統盤考慮，建立起運用稅收杠桿調節宏觀經濟的機制，并根據經濟運行走勢及時地調整稅收政策，以促進國民經濟持續、快速、健康發展。同時，國家還應把稅制作為一個整體考慮，對于擬通過稅制改革達到的各種目標（如提高國際競爭力、提高經濟效率、增加稅收收入、實現分配公平、改善稅收管理等）加以權衡，對各稅種在自主創新中的地位、作用和稅種之間的關系加以協調。
可借鑒相關評估方法，建立對稅收政策實施情況和應用效果的評價指標，形成一套可行的跟蹤管理、評估分析及目標考核機制，每年測算因稅收優惠所減少的收入規模，評估企業因享受優惠而產生的效益規模及其對經濟增長和稅收收入的貢獻率，并據此對增強自主創新能力的稅收政策進行及時地評估，為政策調整提供可靠的決策依據。
4，加強稅收的國際協調
我國對外經濟聯系日益密切，技術貿易大幅度增長，*年共簽技術合同26.4萬項，成交金額1551億元，比上年增長16.2%[20].經濟全球化和稅收國際化要求我國稅收制度應加速與國際接軌，從稅制結構設計、稅種配置、政策取向到征管體系等能全方位地適應開放經濟環境的需要。加入WTO以后，我國參與稅收國際協調的活動越來越多，應設立專門機構，明確職責，負責稅收國際信息的收集整理，處理我國與其他國家或國際組織交往的日常事務，研究稅收國際協調的戰略問題；開展稅收國際協調戰略問題的專項研究。我國也應積極參加相關稅收理論、政策、原則的國際協調，尊重國際慣例，在維護國家主權和利益的前提下，研究制定適合我國國情的增強自主創新能力的稅收政策。
5，建立規避自主創新投資風險的稅收政策體系
制訂有關風險投資的稅收優惠政策，鼓勵風險投資，增強自主創新能力。對自主創新的投資不論其來源，只要是因創新成果所得的收入均予以所得稅、營業稅等免征或降低稅率的優惠。對企業將資金投入高新技術獲得的利潤再用于高新技術投資的，不論其經濟性質和所有制形式，都退還其用于投資部分利潤所對應的企業所得稅。
建立科技開發準備金制度并允許費用列支。即允許企業特別是有科技發展前景、自主創新能力強的中小企業，按其銷售收入的一定比例提取科技開發基金，以彌補科技開發可能造成的損失，使企業在投資初期就能享受到稅收優惠，減少其創新行為的風險，并規定科技開發準備金必須在規定時間內用于研究開發、技術更新和技術培訓等，對逾期不用或挪作他用的，應補繳稅款并給予一定的處罰。
強化對使用創新成果的激勵。通過稅收上的優惠政策，包括對采購創新成果的稅收優惠和對使用創新成果中出現的相應成本予以扣除，降低經濟主體的風險，推動各經濟主體優先采用創新成果，并鼓勵各經濟主體在使用創新成果的基礎上開展自主創新，形成一個自主創新的良性互動機制。
