現行分稅制存
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1、上下級政府之間的事權模糊不清，財政與事權不相匹配。分稅制財政體制雖然對中央與地方政府的財權、事權都作了原則性規定，但在執行過程中，財權與事權不統一的矛盾依然突出。一方面，“中央出政策，地方出資金”。有些應由中央承擔的事務，讓地方承擔了支出責任。另一方面，中央和地方政府在安排專項資金上存有不合理的交叉扯皮現象。再一方面，分稅制財政體制橫向調節力度不夠，拉大了地區間的貧富差距。分稅制財政管理體制改革的出發點之一是承認既得利益，在調節地區間的差距上沒有采取直接有效的措施，只是希望中央通過在財政收入增量分配中多得財力，同時實行轉移支付制度來縮小地區間的收入差距。然而，新出臺的一些政策措施還不自覺地拉大了地區間的收入差距。如分稅制財政體制在新增收入的分配上實行“一刀切”的上繳和留成辦法，忽視了經濟發達地區和欠發達地區的差別。客觀上使得一些高比例留成的經濟欠發達地區財政收入雖大幅度增長，但可用財力占財政收入的比重卻在逐年下降。而原來一些低比例分成的經濟發達地區得到了更多的財政利益。這種逆向分配的格局，進一步加劇了地區間的貧富差距。
2、財政收入預算級次的劃分不夠規范，國地稅收征管不協調，地方稅收體系越來越弱化，地方財政收入的空間受到嚴重擠壓。表現在：一是沒有完全遵循分稅的原則。比如鐵道、民航等部門的所有稅種均作為中央財政收入，不符合分稅的原則。二是稅收返還的辦法既不合理，也不規范。現行分稅制財政體制規定，中央對地方的稅收返還以1993年為基數逐年遞增的。沒有按“兩稅”實際增量的絕對額返還，存在重復打折的現象。三是征收不協調。實行分稅制以后，稅收征管機構分設為國家稅務局和地方稅務局，由于財政收入級次劃分的不規范，同一稅種(如企業所得稅)有的同時需要國地稅兩套機構雙重征管，直接導致中央與地方稅收征管的“越位”和“缺位”，既不利于提高稅收效率，也加大了稅收成本。四是存有不適應市場經濟的發展的地方。目前，在我國財政收入的構成中，中央稅收和共享稅占全部財政收入的70%左右，而地方稅收的比重很小，尤其是近幾年呈相對下降的趨勢。
3、稅收立法滯后，地方政府沒有相應的稅權，稅收管理制度不健全。現行稅制中，只有少數的稅收法規是由立法機構正式立法的，多數是以暫行條例等形式出現的。稅收調節社會經濟的功能明顯滯后；稅收管理制度不健全，尤其是地方稅的征管缺乏規范性；行政性收費、各種基金名目繁多，“費改稅”進展緩慢。與此同時，地方政府稅權僅限于在地方稅征收管理上制定一些具體的征收辦法和補充措施的權力。這與分稅制的要求相比差距較大，與中央賦予地方政府的權責不相稱，這不利于發揮地方政府管理稅收的積極性，也不利于規范完善地方財政的分配關系。
4、轉移支付制度不完善。主要表現在：一是一般性轉移支付制度還不規范。分稅制改革后實行的稅收返還，按照國際貨幣基金組織實行的政府財政統計口徑，也是一種轉移支付形式。但是，這種辦法是在原體制基數法上演變過來的，對由于歷史原因造成的地區間財力分配不均的格局基本沒有觸動。同樣，目前實行的體制補助和上解更是從原來體制延用過來的。這些返還和補助，由中央財政列支撥出返給地方，中央不規定用途，由地方自主安排使用，從性質上講屬于一般性轉移支付，但由于其決定因素不是地方標準收入和支出的差額，而是新舊體制銜接過程的既得利益補償，因此，對均衡地方財力、解決地區間公共服務水平差異的作用并不明顯。1995年后雖然采用過渡期轉移支付辦法，對困難地區增加一些補助，但由于中央財政困難，這部分相對規范的轉移支付數量有限，均衡作用不大。二是中央對地方專項補助(撥款)分配和使用與財政分級管理的原則不相適應。相當部分專款用于地方事權范圍和支出，體現中央事權和宏觀調控的作用不夠。分配的辦法也有待進一步規范。三是中央政府有關部門管理的某些補助地方的資金，如預算內基本建設投資、技術改造、農業開發投資等，還沒有統一納入中央政府對地方的轉移支付范疇，與財政轉移支付資金的統籌運用存在脫節現象。
二、進一步完善我國分稅制的措施
1、進一步明晰上下級政府之間的事權，合理劃分各級財政收支范圍。明晰事權是完善分稅制財政管理體制，包括建立規范化轉移支付制度的基礎所在。要結合機構改革和政府職能調整、科學合理界定中央與地方以及地方各級政府之間的事權，尤其要進一步明確劃分那些交叉的、界定不清的事權。具體來說應遵循：市場基礎原則。按照市場經濟條件下的政府職能，劃清政府與企業的事權界限，尤其是要進一步明確界定財政供給范圍；范圍原則。屬于全國(全社會)范圍共同事務的事權，由中央政府承擔，屬于地方(局部)范圍的事務由地方承擔；效率原則。凡是由地方政府處理，其行政效率最高的事務歸地方，由中央政府處理，其行政效率最高的事務歸中央；分級原則。需由中央承擔的事務，由中央管理，需地方能決策并有能力承擔的事務，由地方管理；法律規范原則。事權劃分和調整，都應經過法律程序，保持相對穩定；可行原則。將全國的財政資源統籌考慮后，保證各地行政的最低財力需求，確保各級財政的正常運轉。根據上述原則，將中央的事權和財政支出，概括為三類。一是中央政府直接負責的社會事務，經費由中央財政安排，主要包括中央政府的各類行政機構和應由中央政府負責的社會公共事業；二是中央與地方共同承擔的社會事務，經費應由中央與地方共同承擔，主要包括一些跨區域的基礎設施建設和公共安全、環境保護、社會統計、氣象觀測等公共福利事業；三是中央負有間接責任，但應通過地方政府來具體負責實施的社會事務。諸如基礎教育、公共醫療等。中央財政通過對地方一般性轉移支付來補助。同時要提出具體的原則、標準和要求，由地方政府來具體實施。其他屬于地方的事權，由地方財政相應安排經費。但中央政府應確保經濟落后地區行政的最低財力需求，以保證財政的正常運轉，使“財權與事務統一”原則的含義明確化、具體化。在收入劃分方面，對某些收入劃分進行必要的調整，如企業所得稅要取消按行政隸屬關系或行業劃分的做法，全部實行比例分享，稅收返還收入的計算方法應予調整，按實際增量30%予以返還。
2、合理劃分中央與地方的稅收征管權限，盡快建立和完善地方稅收體系，確保中央和地方財政收入增長都有相對的稅源基礎，充分調動兩個積極性。根據我國國情，應賦予地方省級人大適當的稅權。如讓省級人大在對宏觀經濟影響較小的地方稅種上擁有一定的解釋權和稅率、稅目調整選擇權。也可對那些不影響宏觀調控和中央稅基的地方稅種賦予立法權。但省級以下的稅權不宜再下放。完善地方稅收體系，擴大地方稅收規模，保證地方稅收。首先要確定地方稅的主體稅種，主體稅種應同時體現收入功能和調節功能，并根據經濟發展的不同階段進行調整。應逐步完善所得稅和財產所得稅制度，提高所得稅和財產稅的地位，逐步使其成為地方稅的主要稅種。其次可適時出臺一些新稅種，如遺產贈予稅、社會保障稅等，加快“費改稅”進程，將一些合理的、普遍性的收費或基金改為立法征稅，使其中央和地方收入同步增長，充分調動兩方面的積極性。
3、強化稅法建設，及時修改、完善或出臺相關稅法。加入WTO后，已經顯示出我國稅收法律體系還跟不上形勢發展的需要，完整的稅收法律體系還遠遠未建成，已有的稅收法律關系有待進一步理順。如在我國邊貿進口管理中的稅收是按照國別區別對待的，即對不同的國家給予不同的稅收優惠，這是不符合稅收的最惠國待遇的。再有現行稅法規定中一些進口產品既征收增值稅又征收營業稅，而對于國內的其他同樣產品只征收增值稅或只征收營業稅，這樣一來就構成了對國外產品的歧視，是不符合WTO的國民待遇原則的。再如為了加大吸引外資和引進國外先進技術的力度，在稅收方面給予外國在華投資者和外國產品較低的稅收負擔和較寬的稅收優惠，使其享受了“超國民待遇”，對內資企業和國內產品造成很大的不公平，不利于保護民族產業。所以，檢查、修訂我國的稅收法律法規，使其既能夠與WTO協議相一致，又能夠保護民族產業，是非常必要的。因此，除了要根據WTO規則對現行稅法體系進行適應性的修訂完善外，還應按照市場經濟的規律，對現行稅制進行改革，加強稅收法制建設。各主要稅種及主要的稅收征管規則應由立法機關正式立法，以提高稅收的立法水平，增強稅收管理的權威性；同時對部分不合時宜的稅收法規應及時修改、完善。
4、進一步完善政府間的轉移支付制度。在分稅制的條件下，合理確定轉移支付制度，已成為調整地方財政分配關系，實現區域和社會事業協調發展的重要手段。各地應得的轉移支付額，應重新計算確定一個初始補助額，這個補助額可用基數年份的實際分成財力與必要事權所需財力間的缺口為基準，既防止地方與中央“博弈”和討價還價，也可防止困難地區財政入不敷出而不能正常運轉。在確定初始補助后，再按現行的轉移支付補助公式計算轉移支付補助的增量部分，在因素的選擇上要盡量選用影響財政支出并切合實際的因素，來核定各地的標準支出數額。對標準收入的確定應逐步向“納稅申報額*平均入庫率”的辦法計算，盡量減少“經濟稅基”不實而帶來的負面影響，使標準收入更貼近實際。在轉移支付補助項目上可設置一般補助、專項補助和特殊災害補助三大類。一般轉移支付補助主要用彌補財政困難地區的各種剛性財政支出的缺口；專項補助要求受補助的地區按規定用途使用應由地方配套的資金要足額以逐步減少行政專項數額；在撥款模式上采取縱向轉移支付為主，橫向轉移支付為輔；在撥款結構上采用無條件撥款為主，有條件撥款為輔。另外，要按照構建和諧社會的要求，對現行的轉移支付制度進行改革，使轉移支付能夠為構建和諧社會服務。
